葡萄抗霜霉病基因座“RPV1”的简单序列重复序列（SSR）标记的鉴定与鉴定
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摘要：葡萄种植受到霜霉病（DM）病害的严重影响，严重影响葡萄的品质和产量，可能造成重大损失。由于杀菌剂的使用和植物育种新品种的开发存在一定的缺陷，标记辅助选择（MAS）将是一种在短时间内将所需基因引入栽培品种的有效替代方法。简单序列重复 (SSR) 标记似乎是最流行的 MAS 遗传标记选择。在本研究中，我们在RPV1中鉴定了 14 个新的 SSR 标记。与葡萄抗霜霉病相关的位点。已识别标记的表征是基于各种参数进行的，例如重复基序的类型、重复数、不同类别和微卫星结构。此外，对 56 种不同葡萄种质进行 SSR 基因分型以确定这些种质对 DM 的易感性或抗性。
关键词
霜霉病,抗性,位点,简单 序列 重复,基因分型
一、简介
葡萄是世界上种植最广泛的园艺作物之一，提供大量营养产品，如饮料、果冻和果酱。许多真菌病害严重影响其栽培，霜霉病（DM）是严重影响茎、叶、芽和果实的破坏性病害之一。DM的病原体是需要活体宿主才能生存的生物营养专性卵菌“ Plasmopara viticola ”[ 1 ][ 2 ]。据推测，这种真菌起源于北美，并在不经意间传播到世界其他地区[ 3]。该病在幼叶上表现为黄色圆形油性斑点，周围有棕黄色光晕。霜霉病的感染导致葡萄质量和生产力显着下降。
作为一种传统的预防方法，多种杀菌剂用于感染前和感染后的 DM 条件。虽然杀菌剂的使用可能有助于管理 DM，但它们的应用存在某些缺点。葡萄种植区的空气质量下降，葡萄产品中可能出现化学残留物的持续存在，并且可能会出现抗杀菌剂的真菌菌株[ 4 ]。在 19 世纪，通过遗传抗性管理真菌疾病是葡萄育种科学界的首要目标。虽然V . 发现葡萄品种对P敏感。viticola , 许多 北美 和 亚洲葡萄物种如圆叶Muscandinia rotundifolia，V。河岸湾_ _ 灰霉病_ _ _ 拉布鲁斯卡湾_ _ 鲁佩斯特里斯, V. _ 伯兰迪里, V. lincecumii，对这种病原体表现出可变的抗性水平 [ 5 ] - [ 12 ]。因此，在各种遗传背景中检查和绘制了抗霜霉病的遗传基础。
在葡萄基因组中，超过 13 P . viticola主要和次要孟德尔抗性 ( R ) 基因座名为“ RPV ”，之前已发现可提供 DM 抗性 [ 13 ] [ 14 ] [ 15 ] [ 16 ] [ 17 ]。在品种“ Regent ”的 LGs 4 和 18 中检测到几个对 DM 抗性有显着影响的 QTL ；LGs 8、12 和 17 用于分离V种群。河岸和V。 _ 葡萄属; LG 9 和 12 在V中。河岸; LG 14 英寸V. 山柑；两个种间杂种中的 LGs 1、6 和 7 交叉继承V。圆叶植物和V . amurensis性状 [ 13 ] [ 14 ] [ 16 ] [ 17 ] [ 18 ]。如文献记载， RPV1、 RPV2、RPV3、RPV8、RPV10的染色体位置分别为12、18、18、14、9 [ 13 ] [ 15]。来自不同背景的 DM 抗性基因座的鉴定和定位是宝贵的信息，葡萄育种者可以利用这些信息更有效地利用替代 DM 抗性资源。
然而，葡萄新品种的选育非常耗费资源和时间；因此，标记辅助选择 (MAS) 的替代方法也可以有效地将所需基因整合到栽培品种中。在葡萄方面，最近在 MAS 工具的生产方面取得了相当大的进步。大量基于 DNA 序列的标记，例如扩增片段长度多态性 (AFLP)、多样性阵列技术标记 (DArT)、限制性片段长度多态性 (RFLP)、单核苷酸多态性 (SNP) 和简单序列重复 (SSR)感兴趣的基因是先前创建的。此类标记可用于生成遗传连锁图谱，以识别与特定感兴趣性状相关的基因组区域 [ 19 ] [ 20 ]]。
其中，最广泛使用的标记类型是简单序列重复 (SSR) 标记，也称为微卫星、短串联重复 (STR) 和简单序列长度多态性 (SSLP) [ 21 ] [ 22 ]。这些是分散在大多数真核物种基因组中的 1 到 6 个碱基对的短而重复的核苷酸基序 [ 23 ]。Litt 和 Luty 在 1989 年首次提供了术语“微卫星”来描述通过 PCR 扩增的简单序列延伸 [ 24 ]。它们可用于多种用途，例如遗传图谱构建、遗传变异研究、系统发育研究以创建进化树和 MAS [ 25 ]。
整个V的出版。vinifera基因组加速了新的 SSR 标记的开发，这些标记可用于利用 MAS 技术对各种葡萄品种的抗性进行金字塔化 [ 26 ]。在本研究中，我们在葡萄基因组的RPV1基因座中鉴定了各种 SSR 标记，这些标记已知可提供对霜霉病的抗性。鉴定的标记随后用于分析 56 种不同的V。葡萄品种对 DM 的易感性或抗性。
二、材料与方法
2.1。鉴定与葡萄树 RPV1基因座中DM 抗性相关的 SSR 标记
2.1.1。序列数据
从 NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) 检索RPV1基因座的基因组序列。提取序列的位点 ID 为 JQ904634.1 [ 27 ]。
2.1.2. 标记识别和引物设计
为了识别与RPV1基因座相关的 SSR 标记，将上述序列的“FASTA”文件提交给“WebSat”在线程序（https://bioinfo.inf.ufg.br/websat/）[28]。为了分析，标记基序长度的标准是二到六核苷酸重复基序；为二、三和四核苷酸重复选择了最少 4 个基序重复；为五核苷酸和六核苷酸重复选择最少 2 个基序重复；单核苷酸被排除在分析之外。这意味着对于二核苷酸重复基序，最小重复数保持为 4，最大值为 12。同样，其他类型的重复也遵循相同的标准。接下来，SSR finder 程序处理序列并突出显示输出中包含 SSR 标记的几个区域。接下来，对从“Websat”获得的具有SSR标记的区域进行BLASTX，以寻找与TIR-NB-LRR型抗性蛋白的blast同源性，从而更容易在R蛋白的基础上进行进一步筛选。因此，鉴定出与 TIR-NB-LRR 型抗性蛋白具有最高同一性的此类序列。接下来，对从“Websat”获得的具有 SSR 标记的区域进行 BLASTX，以发现与 TIR-NB-LRR 型抗性蛋白的胚细胞同源性。结果，鉴定出与TIR-NB-LRR型抗性蛋白具有最高同一性的这些序列。此后，使用相同的工具设计引物。Websat 使用的引物设计软件是 Primer 3。用于引物设计的参数是：引物大小范围为 18 - 25；底漆 T 进行从“Websat”获得的具有 SSR 标记的区域的 BLASTX，以发现与 TIR-NB-LRR 型抗性蛋白的胚层同源性。结果，鉴定出与TIR-NB-LRR型抗性蛋白具有最高同一性的这些序列。此后，使用相同的工具设计引物。Websat 使用的引物设计软件是 Primer 3。用于引物设计的参数是：引物大小范围为 18 - 25；底漆 T 进行从“Websat”获得的具有 SSR 标记的区域的 BLASTX，以发现与 TIR-NB-LRR 型抗性蛋白的胚层同源性。结果，鉴定出与TIR-NB-LRR型抗性蛋白具有最高同一性的这些序列。此后，使用相同的工具设计引物。Websat 使用的引物设计软件是 Primer 3。用于引物设计的参数是：引物大小范围为 18 - 25；底漆 T米：57°C - 68°C；GC含量：40% - 60%；产品大小：150 - 550 bp；其余参数设置为默认值。
2.2. SSR分析
对 SSR 进行表征是为了测试 SSR 在葡萄中的特异性。分析的各种 SSR 特征是 SSR 基序的类型、重复数、不同类别和微卫星结构。
2.3. SSR 基因分型
2.3.1。植物材料和 DNA 提取
从浦那国家葡萄研究中心（NRCG）收集不同葡萄种质的叶组织（表S1）。从获得的叶片样品中分离出总基因组 DNA，并采用 Dellaporta等人给出的方案。, 1983 年紧随其后 [ 29 ]。在 0.8% 琼脂糖凝胶上检查提取的 DNA 的质量和完整性。在纳米分光光度计（Eppendorf，USA）上评估 DNA 的定量和纯度。通过测量 260 nm 和 280 nm 处的吸光度来确定 DNA 样品的纯度。
2.3.2. 引物验证
为了验证与霜霉病抗性相关的有效 SSR 引物，使用单个V进行 PCR 扩增。葡萄品种“Perlette”。将以下组分加入 PCR 管中，制成 25 μl 的最终混合物： 10× PCR 缓冲液（由制造商提供）—2.5 ml；dNTPs (10 mM)—0.5 µl；正向引物 (10 µM)—0.5 µl；反向引物 (10 µM)—0.5 µl；DNA (50 - 100 ng)—0.5 µl；MgCl 2 (25 mM)—2.5 µL；Taq 聚合酶（5 单位/微升）—0.25 微升。用不含核酸酶的水进行体积补充。添加到主混合物中的正向和反向引物在表S2 中给出。将所有组分充分混合并进行 PCR（Bio-Rad T100 TM热循环仪）具有表S2 中提到的RPV1相关标记的 PCR 条件。在 2.5% 琼脂糖凝胶上分析 PCR 产物。
2.3.3。不同葡萄种质的基因分型和数据分析
在适当的退火温度下验证 SSR 标记的扩增后，对各种葡萄种质的提取 DNA 进行扩增。特定条带大小的多态性标记的扩增表明该品种与阳性对照（即圆叶 Muscandinia rotundifolia）相比对霜霉病敏感还是抗性。手动处理基因分型结果以检查不同种质中是否存在 SSR 标记扩增条带。
3。结果与讨论
3.1。与霜霉病抗性相关的 SSR 标志物的鉴定
简单序列重复 (SSR) 是 1 - 6 bp 长、串联重复的基因组片段，在编码区和非编码区都普遍存在 [ 30 ]。由于它们的丰富性、多等位性、共显性、普遍性和变异性等，它们被广泛应用于分子遗传学和植物育种领域[ 31 ]。由于已知 SSR 标记和 QTL 相互关联，因此检查了葡萄基因组的RPV1基因座以鉴定高度多态的 SSR 标记。
3.1.1。序列检索
RPV1基因座位于葡萄基因组的第 12 号染色体上。如文献中所述，检测到的RPV1基因座的总区域高达 7 Mb，从 13.10 - 20.37 Mb 之间的标记 VMC4f3-1 和 VMC8g9 在Muscandinia rotundifolia [ 27 ]。发现 12 号染色体上 16.752623 和 16.755849 Mb 之间的区域编码 RGA8；全长TIR-NBS-LRR基因（也称为RPV1 基因）[ 27 ]。我们已经分析了该区域的基因组序列以识别 SSR 标记。该序列的基因座 ID 为 JQ904634，分析的序列总长度高达 14,677 bp。
3.1.2。标记识别和引物设计
为了分析，从 NCBI 检索基因组序列并在“Websat”进行分析以识别各种 SSR 标记。最初，大量的五核苷酸和六核苷酸基序重复数为 2 到 6 的序列；对于二、三和四核苷酸基序，产生了 4 到 6 的重复数。然后，在筛选含有 SSR 标记的序列中是否存在 TIR、NBS 和 LRR 结构域后，共鉴定了 14 个与 TIR-NBS-LRR 结构域具有母细胞同源性并由 SSR 标记组成的此类序列。因此，总共确定了 14 个与 DM 抗性相关的 SSR 标志物。此外，由于 SSR 是在基因编码区中鉴定的，因此它们的数量较少。使用相同的软件设计引物。引物名称、标记类别和重复序列见表 1. 由于它们在基因分型、作图和育种等多种应用中的广泛应用，葡萄中 SSR 标记的开发以前也进行过 [ 32 ] [ 33 ] [ 34 ]。在本研究中，我们重点鉴定了与葡萄抗霜霉病基因座“ RPV1 ”相关的SSR标记。
3.2. SSR 的表征
分析的RPV1基因座区域是由内含子和外显子组成的基因组序列。然而，SSR 标记是通过 BLASTX 确认 TIR-NBS-LRR 结构域的存在后开发的，因此我们可以说标记是从外显子区域开发的，因此标记是 EST-SSR（表达的测序标记微卫星）或通用的。这种类型的标记（EST-SSR）之前也已在几种植物中检测到，例如
引物名称
标记类别
重复序列
ATAAA
五核苷酸重复
ATAAA
TCT
三核苷酸重复
TCT
AAT
三核苷酸重复
AAT
三七
六核苷酸重复
三七
ATTT
四核苷酸重复
ATTT
TATCTC
六核苷酸重复
TATCTC
阿加格
五核苷酸重复
阿加格
TC
二核苷酸重复
TC
阿加格
六核苷酸重复
阿加格
TTCTTT
六核苷酸重复
TTCTTT
TATCTC
六核苷酸重复
TATCTC
GTAAT
五核苷酸重复
GTAAT
TGAAT
五核苷酸重复
TGAAT
GAAGT
五核苷酸重复
GAAGT
表 1。RPV1基因座相关 SSR 标记的引物名称、标记类别和重复序列
苜蓿、大麦、水稻和玉米 [ 35 ] [ 36 ] [ 37 ] [ 38 ]。引物也是从编码区设计的，因此设计的引物是外显子的，旨在扩增基因座的编码区。
基序特征是根据重复基序类型和重复数进行的。微卫星的重复基序可以是单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复[ 39 ]。经分析，共1个di-；2个三；1个四；在 14 个 SSR 标记中鉴定了 5 个五核苷酸和 5 个六核苷酸重复基序。在植物中，最常见的微卫星是由 (GT) n和 (AT) n重复组成的二核苷酸基序 [ 40 ] [ 41 ]。然而，在我们的研究中获得的二核苷酸重复基序是 (TC) n重复。植物基因组中三核苷酸和四核苷酸的出现也有报道，常见的有（AAG）n和（AAT）n [ 30 ]。在我们的分析中，我们还得到了一个 (AAT) n三核苷酸基序。不同类型重复基序的出现频率为五/六->三->二-/四-核苷酸重复基序（图1）。五核苷酸和六核苷酸重复基序的数量最多，而二核苷酸和四核苷酸重复基序的数量最少（图 1）。获得更多五/六核苷酸重复基序的优势在于，由于重复长度更长，发生突变的机会更小，因此基因表达不会受到影响。由于本研究中分析的抗性基因座以具有提供抗性的抗性 (R) 基因而闻名，因此有必要不改变基因框架，因为
图 1。饼图表示RPV1基因座相关 SSR 中不同核苷酸重复基序的分布。
这可能会破坏基因功能。因此，与二、三和四核苷酸重复基序相比，我们获得更多数量的五/六核苷酸重复基序是有利的。由于重复长度较长，发生突变的机会较小，因此基因表达不会受到损害。
接下来，分析 SSR 标记的重复次数，观察到重复次数在 2 到 6 之间变化（图 2）。在一个由二核苷酸重复基序组成的 SSR 标记中发现最大重复数为 6；在一个由三核苷酸重复基序组成的 SSR 标记中也发现了 5 的重复数；在由三核苷酸和四核苷酸重复基序组成的两个 SSR 标记中发现重复数为 4，在由五核苷酸和六核苷酸重复基序组成的十个 SSR 标记中发现重复数为 2（图 2）。不同个体中特定基序的重复次数不同的原因是重组错误、复制过程中的 DNA 链滑移、错配和逆转录转座 [ 42]。接下来，根据重复基序的长度将 SSR 标记分为不同的类别。一般而言，如果 SSR 重复长度为 20 bp 或以上，则视为 1 类重复；12 - 20 bps——2 类重复；如果长度小于 12——第 3 类重复。在我们的分析中，我们发现 7 个 SSR 标记在 12 - 20 bps 之间；因此它们被视为第 2 类重复。同样，在第 3 类重复类别中，我们也得到了 7 个 SSR 标记。在 1 类类别中，未检测到 SSR 标记。
微卫星的不同排列类型可以将重复分为简单重复和复合重复。简单重复由两个或多个核苷酸的多个重复组成，例如 (N 1 N 2 … N x ) n，而复合重复可以具有两个或多个相邻的基序重复，例如 (CA) n (GT) n，或
图 2。条形图表示不同 SSR 标记中重复次数的频率分布。
(dC-dA) n (dG-dT) n [ 19 ]。我们研究中设计的所有 SSR 标记的结构仅由一种重复单元组成，因此它们被称为简单重复。
3.3. SSR 基因分型
微卫星是植物育种计划中广泛使用的遗传标记，因为它们具有共显性标记、分布广、多态性水平高和基因组丰度高等特性[ 21 ][ 43 ]。多态性检测是在通过 PCR 扩增 SSR 标记后进行的，伴随着对琼脂糖凝胶电泳后观察到的条带模式的解释和评估 [ 21 ] [ 44 ]。
3.3.1。DNA分离
从 56 种不同V的叶组织中分离出总基因组 DNA 。使用 Dellaporta等人描述的方法从浦那 NRCG 收集的葡萄种质。, 1983 [ 29 ]。260/280 的吸光度比表明 DNA 相对不含蛋白质和污染物。选择这些品种的原因是RPV基因座的鉴定以前只在美洲和中亚品种中进行过，我们检查了它们在印度品种中的存在 [ 5 ] - [ 12]。目前印度尚无抗霜霉病的商品化鲜食葡萄品种，因此有必要尽可能多地筛选葡萄种质，以鉴定不同葡萄品种的抗病性状。
3.3.2. 筛选抗霜霉病的 SSR 引物
为了筛选与霜霉病抗性相关的 SSR 引物，在“Perlette”品种V中进行 SSR 标记的 PCR 扩增。vinifera并在 2.5% 琼脂糖凝胶上分析。选择这个品种是因为它在我们地区很容易买到。“Perlette”最初是由 Harold P. Olmo 于 1936 年在加利福尼亚州通过 Sultanine 和 Reine des Vignes葡萄品种之间的 杂交获得的。使用的 PCR 条件为：94°C 3 分钟，35 个循环（94°C 30 秒，Tm 30 秒，72°C 1 分钟），72°C 7 分钟。作为分析的结果，14对引物中的12对被成功地筛选用于进行扩增。RPV1 _与 SSR-PCR 产物相关的基因座在 48°C - 53°C 之间扩增（表 2）。3 个标记获得的最大条带大小为 390 bp，1 个标记的最小条带大小为 200 bp（表 2）。
3.3.3. 不同基因型中与RPV1基因座相关的 SSR 标记的扩增
在特定退火温度下验证 SSR 标记扩增后，在从 56 种不同V中分离的 DNA 中进行扩增。葡萄种质。这些多态性标记在特定条带大小的扩增表明该品种对霜霉病敏感还是抗性。在 12 个中，6 个 SSR 标记即 ATT、TCT、GTAAT、AGGAG、TTCTTT、AGAGGG 显示出扩增。圆叶Muscandinia rotundifolia的基因组DNA也用于PCRs 作为阳性对照，描述了与抗性相关的标准标记等位基因大小。该种“葡萄”与“葡萄 原体”共同进化” 在北美；因此，它可以耐受/抵抗由 DM 引起的感染 [ 45 ]。
3.3.4。数据分析
所有 SSR 片段都经过人工筛选，并转换为“1”和“0”二进制数字，以确定条带的存在和不存在（表 3）。葡萄品种与M的比较分析。rotundifolia表明，某些品种在
标记
Tm值
达到的条带大小 (bp)
TCT
52℃
~290
三七
52℃
~350
ATT
52℃
~210
阿加格
52℃
~330
阿加格
52℃
~520
GTAAT
52℃
~300
GAAGT
52℃
~390
TGAAT
52℃
~200
TATCTC
53℃
~350
TTCTTT
51℃
~300
AAT
48℃
~390
ATAAA
48℃
~390
表 2。具有达到的 Tm（退火温度）和条带大小的RPV1基因座的 SSR 标记列表
种类
GTAAT
TTCTTT
ATT
阿加格
阿加格
TCT
圆叶麝香草
1
1
1
1
1
1
卡塔库尔甘
0
0
0
1
0
0
黑色莫努卡
1
1
1
1
1
1
帕洛米诺
1
1
1
1
1
1
意大利Eliquena
0
0
1
1
0
1
红地球
0
0
1
1
0
1
霞多丽
0
0
1
1
1
1
红马斯喀特
1
0
0
1
0
1
马杜安古尔
0
0
0
0
0
1
维欧尼
0
0
1
0
0
1
拉布鲁斯卡葡萄
0
0
0
1
0
0
基什米什别利
0
1
1
0
1
1
潘达里萨赫比
1
0
0
0
0
0
阿纳布沙希
0
0
1
0
0
1
国家班加罗尔
0
0
1
0
0
1
黑色大马士革玫瑰
0
0
0
0
0
0
侯赛因·卡杜
0
0
0
1
0
0
黄金皇后
0
0
1
1
0
1
黑占城
0
0
0
1
0
0
多拉迪略
0
1
1
1
1
1
奥尔登
1
1
1
1
1
1
比安卡
1
1
1
1
1
1
卡斯蒂萨
1
1
1
1
1
1
黑汉堡
1
0
0
0
1
0
查拉斯
1
1
0
0
0
0
冠军
0
0
1
1
0
0
修道院大黑
0
1
1
1
1
1
巴巴罗萨
1
1
1
1
1
1
黑色圆形
1
1
1
1
1
1
和睦
1
1
1
1
1
1
基什米什·罗扎维斯
1
1
0
1
1
1
钻禧
1
1
1
1
1
0
沙斯拉斯布兰克
1
1
1
1
1
1
幻想无核
1
0
0
1
1
1
切玛·萨赫比
1
1
0
1
1
0
深红无核
1
1
0
1
1
0
天狼星
1
1
0
0
1
0
特雷比亚诺
1
0
0
0
0
0
加加内加
0
0
0
1
0
0
齐姆扬斯基切尔尼
0
0
0
0
0
0
雅典
0
0
0
1
0
0
萨赫比阿里
0
0
0
1
1
0
秘鲁白
0
0
0
1
1
0
香槟
1
0
0
0
0
0
歌海娜
1
0
0
0
0
0
红王子
0
1
0
1
1
0
班加罗尔蓝
0
0
0
1
0
0
卡萨巴的明珠
1
1
0
1
1
0
丹魄
0
0
0
1
1
0
神索
1
1
0
1
1
0
马鲁无核
1
1
0
1
1
0
赖斯林
1
1
1
1
1
1
赤霞珠
1
1
1
1
1
1
社区康复
1
1
1
1
1
1
SV 12309
1
1
1
1
0
1
SV 123640
1
1
0
0
0
1
表 3。图表以二进制数字格式显示RPV1基因座相关 SSR 标记的评分（“1”表示存在条带，“0”表示不存在条带）。“0”表示相对于具有值“1”的阳性对照存在/不存在SSR标记的相反趋势。
与M相比。圆叶。从结果分析，在M。圆叶菊, 最终筛选出的6个标记均观察到了扩增条带。作为M。rotundifolia用作阳性对照，葡萄品种显示出相反的 SSR 标记存在/不存在趋势可能与对 DM 的易感性有关。从结果分析，对于 GTAAT 标记，56, 24 V中。vinifera种质可能与对 DM 的易感性有关。同样，对于 TTCTTT、ATT、AGGAG、AGAGGG 和 TCT 标记；26、29、15、25和 27 V。葡萄科种质可能与对 DM 的易感性有关。
4。结论
在本研究中，我们鉴定并表征了RPV1基因座中的各种 SSR 标记，这些标记已知与葡萄的霜霉病抗性有关。他们的基因分型是用圆叶Muscandinia rotundifolia（北美野生葡萄品种抗霜霉病）作为阳性对照来检测葡萄种质中的多态性。总之，SSR 标记的开发和基因分型将进一步有助于说明葡萄复杂的遗传性状和分子育种的进步。
致谢
作者衷心感谢印度生物技术部 (DBT) 提供的财政援助。NG 感谢印度生物技术部 (DBT) 提供初级和高级研究奖学金。
资金
该研究由印度生物技术部 (DBT) 在题为“葡萄抗霜霉病和白粉病的分子育种综合方法”项目下资助。
数据和材料的可用性
当前研究中使用的植物材料可根据要求从作者处获得。
作者的贡献
NG——进行湿实验室实验、葡萄序列分析、引物设计和手稿写作；AN——帮助RPV基因座的生物信息学分析和SSR标记的识别，帮助完成手稿；RRS, AU——提供植物材料，帮助 DNA 分离和引物设计；KS-构思了这个想法，设计了实验，全面监督并完成了手稿。
补充文件
S. 没有。
种类
S. 没有。
种类
S. 没有。
种类
1
卡塔库尔甘
29
和睦
2
黑色莫努卡
30
基什米什·罗扎维斯
3
帕洛米诺
31
钻禧
4
意大利Eliquena
32
沙斯拉斯布兰克
5
红地球
33
幻想无核
6
霞多丽
34
切玛·萨赫比
7
红马斯喀特
35
深红无核
8
马杜安古尔
36
天狼星
9
维欧尼
37
特雷比亚诺
10
拉布鲁斯卡葡萄
38
加加内加
11
基什米什别利
39
齐姆扬斯基切尔尼
12
潘达里萨赫比
40
雅典
13
阿纳布沙希
41
萨赫比阿里
14
国家班加罗尔
42
秘鲁白
15
黑色大马士革玫瑰
43
香槟
16
侯赛因·卡杜
44
歌海娜
17
黄金皇后
45
红王子
18
黑占城
46
班加罗尔蓝
19
多拉迪略
47
卡萨巴的明珠
20
奥尔登
48
丹魄
21
比安卡
49
神索
22
卡斯蒂萨
50
马鲁无核
23
黑汉堡
51
赖斯林
24
查拉斯
52
赤霞珠
25
冠军
53
社区康复
26
修道院大黑
54
圆叶麝香草
27
巴巴罗萨
55
SV 12309
28
黑色圆形
56
SV 123640
表 S1。本研究中使用的各种葡萄种质清单。
标记
序列
TCT
5' GTTAGGGTTGCACAATCTCCTC 3'
5' GAAATTATAGCGGGTGTCTTCG 3'
三七
5' CTGGTGTGACTGCCATGTTAAT 3'
5' ACGTCTTCTCTTACGGTTTCCA 3'
ATT
5' ATTTTTCTGTTTCCCTTGATCCC 3'
5' CCACACTTCTCAATGTTCGCTA 3'
阿加格
5' CTTCCATCCCTCGAACAACTAC 3'
5' GTTTTCTTCATAACCGGCAAAG 3'
阿加格
5' TGATGTTCGTATGGTTGGGATA 3'
5' CCATTCACGATGTCCAAGTAAA 3'
GTAAT
5' TGCTTTTCTCTCTCTAATTGCCC 3'
5' CACCTATCAAACTCCTGCACAA 3'
GAAGT
5' TTGTGCAGGAGTTTGATAGGTG 3'
5' ATTAACATGGCAGTCACACCAG 3'
TGAAT
5' TTGTGCAGGAGTTTGATAGGTG 3'
5' ATTAACATGGCAGTCACACCAG 3'
TATCTC
5' CTGATAGCATTGGAGACTTGGA 3'
5' AACTTTTCATGTTCCCTCCCTT 3'
TTCTTT
5' GGTATCTTCGTTGGGATGGATA 3'
5' TCTGACATTTGACTGAGCTTCC 3'
AAT
5' GAAGCCTCAAGCCCACTAACTA 3'
5' AGGGGCAACTCTCTGTCTCTATT 3'
ATAAA
5' GAAGCCTCAAGCCCACTAACTA 3'
5' AGGGGCAACTCTCTGTCTCTATT 3'
表 S2。已识别的与 DM 抗性相关的RPV1基因座标记的引物组列表
利益冲突
作者声明与本文的发表没有利益冲突。
参考
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