使用 RNA 测序技术对白腐真菌响应木质纤维素或木质纤维素衍生材料进行转录组分析

摘要：白腐真菌是唯一可以完全降解木质纤维素生物质的所有成分的生物，包括顽固的木质素聚合物。木质素降解对于木质纤维素生物质作为生产增值化学品和材料的原料的工业应用具有重要意义。因此，阐明白腐病中木质素的降解机制真菌将帮助研究人员开发高效且环保的方法，从而能够从木质纤维素生物质中生产增值化学品。转录组分析是在不同条件下比较不同样品之间基因表达模式的有效方法，并且可以提供对生物过程的见解。新一代测序技术，尤其是 RNA 测序技术的普及，使转录组测序和分析成为许多实验室的常用研究方法。在这篇综述中，我们重点研究了两种特征良好的白腐真菌（Phanerochaete chrysosporium和Dichomitus squalens ）的转录组谱。 ) 以应对各种木质纤维素材料。RNA-seq 技术与其他技术相结合的应用仍然是研究真菌分泌组和阐明真菌对木质纤维素反应机制的最佳方法。

关键词

转录组, RNA-Seq ,白腐真菌,木质纤维素生物质

一、简介

木质纤维素生物质是地球上最丰富的聚合物，由纤维素、半纤维素和木质素组成。越来越多的研究集中在利用木质纤维素生物质作为基于化石燃料的能源、生物材料和化学品的可持续替代品 [ 1 ]。生产木质纤维素生物质主要来源的两个主要行业是林业（例如锯末、伐木碎片和树皮）和农业（例如水稻、麦秸、玉米秸秆和甘蔗渣）[ 1]。纤维素是木质纤维素生物质的主要成分，具有高度结晶性，因为其葡萄糖亚基通过 β-1,4 糖苷键连接。半纤维素是一种非均相聚合物，包括木糖、阿拉伯糖、甘露糖和半乳糖。此外，由于其无定形结构，它比纤维素更容易水解 [ 2 ]。木质素也是一种非均相聚合物，由甲氧基取代松柏醇单元的自由基偶联形成 [ 3 ]。此外，木质素占植物干物质的 32% [ 4 ]，它是最顽固的细胞壁成分，提供刚性和抵抗微生物感染的能力，同时还促进水分运输 [ 1]。木质素是地球上最可再生的芳香族化合物来源 [ 5 ]。源自木质素的芳烃有许多应用。例如，它们可以作为合成生物聚合物的前体 [ 6 ]。尽管其作为工业原料的巨大潜力，木质素仍然是使用最少的木质纤维素生物质聚合物，目前正在燃烧以产生热量和电力 [ 7 ]。木质素的降解具有挑战性，因为它具有不溶性和复杂的随机结构，具有各种不可水解的分子内 CC、CO 和 β-芳基醚键 [ 8]。木质素目前通过物理或化学方法破碎，产生几种芳香化合物，如香豆酸、羟基苯甲酸、阿魏酸和香草酸 [ 9 ]。由于木质素在蓬勃发展的生物经济中的实用性，开发一种环境友好的木质素改性方法是研究人员的重中之重。

尽管多种微生物可以分解木质纤维素，但担子菌白腐真菌是唯一可以降解所有木质纤维素生物质成分的生物，因为它们产生多种细胞外水解和氧化酶，其中大部分已被归类为碳水化合物活性酶（CAZy ) 数据库 [ 8 ] [ 10 ]。产生的单体糖作为碳和能源，并通过特定途径被真菌细胞吸收 [ 11]。为了降解木质素，白腐真菌从 CAZy 辅助活性 (AA) 酶家族中分泌出一系列氧化还原酶。该家族的关键酶是真菌 II 类过氧化物酶，包括木质素过氧化物酶 (LiPs)、锰过氧化物酶 (MnPs) 和多功能过氧化物酶 (VPs) [ 12 ]。此外，漆酶是酚氧化多铜氧化酶，可帮助过氧化物酶在芳香族化合物存在的情况下降解木质素 [ 12 ]。此外，过量的 H 2 O 2生成酶，如葡萄糖甲醇胆碱 (GMC)、醇氧化酶 (AOX)、芳基醇氧化酶 (AAO)、葡萄糖 1-氧化酶 (GLX) 和铜自由基氧化酶 (CRO) ，有助于白腐真菌的木质素降解系统 [ 13]。除木质素降解酶外，白腐真菌还分泌糖苷水解酶 (GH) 家族的纤维素酶和半纤维素酶，以完全解聚纤维素和半纤维素 [ 13 ]。另外两种类型的酶，裂解多糖单加氧酶 (LPMO) 和纤维二糖脱氢酶 (CDH)，也参与了降解过程（图 1）[ 14 ][ 15 ]。Phanerochaete chrysosporium主要在硬木中定殖 [ 16 ]，而Dichomitus squalens 主要在软木上发现，但也可以通过调整它们的分子反应在硬木上生长 [ 17 ]。的基因组P.chrysosporium缺乏编码漆酶的基因，主要产生 LiPs 和 MnPs [ 16 ]，而D. squalens在木质素降解过程中主要产生 MnPs 和漆酶 [ 18 ]。P. chrysosporium和D. squalens都选择性地降解木质素和半纤维素部分，使纤维素部分几乎不受影响 [ 19 ] [ 20 ]。对金孢 霉的应用进行了许多研究在木质纤维素生物质（如稻草、棉秆和小麦秸秆）的生物预处理中，结果表明木质素的大量损失和纤维素结晶指数的降低 [ 21 ] [ 22 ] [ 23 ]。然而，与P. crysosporium相比， D . squalens在木质纤维素生物质的生物处理中的应用并不常见。本综述主要关注已发表的关于上述白腐真菌及其对木质纤维素材料的转录组反应的研究。本次审查中审查的研究是根据图 2中描述的过程选择的。

2. 转录组分析方法

转录组是指给定生物体、器官、组织或细胞在特定时间点转录的完整基因组序列集[ 24 ]。与静态基因组研究相比，转录组分析是动态的，因为它们反映了由于发育或环境条件引起的基因表达变化 [ 25 ]。分析转录组的方法，包括那些涉及微阵列和 RNA 测序 (RNA-seq) 的方法，是从大规模并行特征测序 (MPSS) 和基因表达序列分析 (SAGE) [ 26 ] 演变而来的。

图 1。白腐真菌对木质纤维素的降解机制，图表根据 Nobre 和 Aanen [ 44 ] 的工作进行了修改。

图 2。文献选择过程流程图。

具体来说，RNA-seq 是一种快速且具有成本效益的革命性技术，它利用下一代测序平台的能力生成大量高质量的短读长，从而实现全面的转录组学数据挖掘 [ 26 ] [ 27 ]。转录组研究目前以 RNA-seq 为主，因为它不需要可用的参考基因组。此外，它可以细化潜在参考基因组的注释，识别不可预测的转录区域并检测基因剪接变体 [ 28]。RNA-seq 方法基于对从研究样本中获得的 mRNA 合成的大量 cDNA 进行测序。标准化 cDNA 文库的测序方案因特定平台（例如 Illumina 系统）而异。无论采用何种系统，原始测序数据（即数百万读数）都会经过质量控制步骤，并且读数会被修剪以获得干净的数据。处理后的读数随后被映射到参考基因组或转录组，可以从头 创建如果参考基因组不可用，则从读数中提取。基因的表达可以根据映射到同一基因的读取频率来量化。每百万个映射读数的每千个核苷酸读数 (RPKM) 或每百万个映射读数的每千个核苷酸片段数 (FPKM) 经常用于量化基因表达水平 [ 28 ]。一旦获得了表达水平信息，就可以用特定的统计测试来分析差异表达的基因。也可以进行其他下游分析，包括基因注释、基因集富集分析或通路分析（图 3）。RNA-seq 方法特别有用，因为大多数白腐真菌基因组都没有完全测序和注释。此外，该技术可以检测新基因以及生成有关以前未表征的基因的信息。例如，Oghenekaro 等人。[ 29 ] 对白腐真菌的转录组进行测序和从头组装

图 3。RNA-seq 分析工作流程。

Rigidoporus microporus，最终产生 25,880 个带注释的 unigenes。他们的数据显示，这种真菌表达了 300 多个编码木质纤维素分解酶的基因，其中橡胶木上调了 175 个基因的表达。

3. 白腐真菌

3.1。金孢原毛纲

白腐真菌P. chrysosporium 是研究最广泛的真菌之一，因为它具有降解木质纤维素生物质的能力 [ 30 ]。它分泌多种氧化和水解酶来降解木质素和多种有机化合物，包括 2,4-二氯苯酚、2,4-二硝基甲苯和硫丹 [ 31 ]。马丁内斯等人。[ 32 ] 对P. chrysosporium进行完全测序和注释基因组，这大大提高了我们对这种真菌木材腐烂机制的理解。在过去的几十年里，基因组水平的转录组研究揭示了一些关于木质素解聚相关基因差异表达模式的重要事实。2015 年之前进行的大多数转录组分析都涉及微阵列。表 1总结了以下描述的五种P. chrysosporium转录组研究中使用的样品条件和分析方法。Wymelenberg 等人。[ 33] 使用微阵列和液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) 进行分泌组和转录组分析，以确定参与木质纤维素细胞壁降解的基因的数量、结构和调控。他们鉴定了许多碳水化合物活性基因，包括 GH 61 家族成员、多糖裂解酶和碳水化合物酯酶。此外，他们发现其他上调基因参与了半纤维素降解，包括各种木聚糖酶、甘露聚糖酶、α-和β-半乳糖苷酶、聚半乳糖醛酸酶、阿拉伯呋喃糖苷酶、木葡聚糖酶和阿魏酸酯酶。预测超过 190 个上调基因编码

平台

基质

样品条件

RNA-seq数据分析

参考

罗氏 NimbleGen 阵列

微晶纤维素

三个生物学重复；在 37˚C 孵育 5 天后，从冷冻真菌颗粒中提取总 RNA

NimbleScan v2.4 和 ArrayStar v2.1 软件用于量化和可视化数据。分位数归一化和稳健的多阵列平均应用于整个数据集。表达式级别基于 log2 值。

[33]

罗氏 NimbleGen 阵列

球磨白杨

三个生物学重复；在 37˚C 孵育 5 天后，从冷冻真菌颗粒中提取总 RNA

DNASTAR ArrayStar v2.1 软件用于量化和可视化数据。分位数归一化和稳健的多阵列平均应用于整个数据集。表达式级别基于 log2 值。使用具有 P < 0.001 的错误发现率阈值的 T 检验来确定表达的显着差异。

[34]

Illumina HiSeq 2000

杉木

三个生物学重复；在 38°C 孵育 40 小时和 96 小时时从样品中提取总 RNA

DNAStar Inc. 模块 SeqNGen 和 Qseq 用于映射读数和统计分析。当前的联合基因组研究所 (JGI) 注释 (v2.2)，作为查询的数据库基于 RNA-seq 的转录结果呈现为 RPKM 值

[35]

Illumina HiSeq 4000

枫木和芒草

三个生物学重复；在室温下培养 5 周后从菌丝体中提取 RNA。

使用DNASTAR软件的ArrayStar程序处理原始数据序列，使用联合基因组研究所的P. chrysosporium RP-78 v2.2进行注释

(JGI)。基于 RNA-seq 转录的结果报告为 RPKM 值

[36]

Illumina HiSeq 4000

Helianthus argophyllus (银叶向日葵) 茎

三个生物学重复；在室温下孵育 6 周后从样品中提取 RNA

使用 DNASTAR 软件的 ArrayStar 程序处理原始数据序列，使用P. chrysosporiumRP-78 v2.2 和 Gene Ontology (GO) 文件 (Phchr 2 _GeneCatalog_proteins_ 20131210) 完成注释

_GO.tab.gz) 来自联合基因组研究所 (JGI)。

NCBI 核苷酸 BLAST 进一步用于注释感兴趣的转录本。数据表示为 RPKM 值。

[37]

表 1。P. chrysosporium转录组分析中样品条件和 RNA-seq 数据分析方法的详细信息

未知功能，其中大约三分之一包含预测的分泌信号。此外，在细胞外滤液中检测到 54 种编码蛋白质。研究人员随后比较了白腐真菌P. chrysosporium和定殖在白杨上的褐腐真菌Postia placenta的基因表达模式 [ 34 ]。这项较早的研究证明，编码氧化还原酶的基因在褐腐真菌和白腐真菌中具有不同的表达模式。观察到P. chrysosporium分泌一系列细胞外糖基水解酶以同时降解纤维素和半纤维素。相反，P. 胎盘在相同条件下分泌多种半纤维素酶，但很少有潜在的纤维素酶。P. chrysosporium在球磨白杨 (BMA) 中鉴定出 35 个显着差异表达基因，其中 22 个基因鉴定为糖基水解酶家族成员，包括编码外切二糖水解酶 GH7 和外切二糖水解酶 GH6 的高表达上调基因。然而，在胎盘假单胞菌 中，只有 5 个糖苷水解酶编码基因在 BMA 中上调，而广泛定义的半纤维素（例如，内切-β-1,4-甘露糖苷酶、内切木聚糖酶、甘露糖苷酶和 β-木糖苷酶）基因高度表达在 BMA。此外，与铁获取系统相关的基因在这两个物种之间存在差异表达。在P。 在胎盘中，编码氧化铁酶和铁渗透酶的基因的表达水平显着上调，这与这些基因在金孢霉中的下调表达形成对比。Korripally 等人。[ 35 ] 使用荧光氧化剂感应豆结合全转录组鸟枪测序分析，表征了向木质素分解代谢过渡期间基因表达的变化。该研究揭示了 356 个上调基因和 252 个下调基因。编码 LiPs、MnPs 和辅助酶的基因上调，表明参与木质素分解反应的细胞外氧物质是由 MnP 催化的脂质过氧化、CDH 催化的 Fe 3+产生的。还原和氧化酶催化的H 2 O 2产生。此外，本研究确定了 72 个在 96 小时表达上调的未知蛋白质编码基因，包括 27 个推定的转运蛋白基因和 18 个细胞色素 P450 基因，作为未来木质素片段摄取和加工研究的候选基因。Alaradi [ 36 ]在枫树（硬木）和芒草（能量草）上生长 5 周后检查了P. chrysosporium的转录组。在这项研究中，P. chrysosporium对枫树和芒草有独特的反应，当将在枫树和芒草上生长的样品与在对照条件下生长的样品进行比较时，分别鉴定出 55 和 66 个差异表达基因。许多已鉴定的基因与木质纤维素的分解有关，包括 LiP、MnP 和 GH 基因。然而，超过一半的这些基因没有很好地说明它们对枫树和芒草的影响。此外，苹果酸合酶、乳酸脱氢酶和磷酸烯醇丙酮酸羧激酶基因在芒草上生长的真菌中比在枫树上生长的真菌中的表达更高。Alsubaie [ 37 ] 研究了P. chrysosporium通过在生长 6 周后在向日葵茎上培养真菌来转录组。在这项研究中，与对照条件相比，鉴定出 102 个基因差异表达，这些基因中的大多数与木质纤维素降解有关，包括过氧化物酶、氧化酶和糖苷水解酶，然而，高达 75% 的差异表达基因被归类为假设或未知。

3.2. 角鲨烯

Dichomitus squalens 是一种白腐担子菌，通过分泌水解和氧化酶来降解纤维素和木质素。角鲨烯基因组包括预测编码四种纤维二糖水解酶 (CBH)、三种推定的内切葡聚糖酶、六种推定的 β-葡糖苷酶、一种推定的 CDH 和 15 LPMO [ 38 ]的基因，以及编码参与木质纤维素降解的酶的其他基因（例如，9 种 MnP 和 11 种漆酶）[ 39 ]。分泌多种细胞外木质纤维素修饰酶的能力使角鲨烯成为研究木质纤维素降解的优秀模型真菌。已经对D的分子反应进行了研究。 角鲨烯到木质纤维素或木质纤维素衍生的化合物以及潜在的调节系统。表 2总结了下述五项角鲨 烯转录组研究中使用的样品条件和分析方法。Rytioja 等人。[ 39 ] 分析了固态云杉上角 鲨烯中 10 个编码纤维素作用酶的基因

平台

基质

样品条件

RNA-seq数据分析

参考

Maxima SYBR Green qPCR Master Mix 和 ABI 仪器（Applied Biosystem）

云杉木，微晶纤维素（Avicel）

三个生物学重复；在 7、14、21 和 28 天，从在 28°C 的云杉木上生长的真菌菌丝体中提取总 RNA；在第 14 天和第 28 天，从用 Avicel 培养物生长的真菌菌丝体中提取总 RNA。

根据 P ≥ 0.05 的 Shapiro-Wilk 正态性检验估计基因表达水平的差异。基于在 14 天用 Avicel 生长的真菌的两个生物学复制，对基因cel7b和lpmo1进行正态分布。重复测量方差分析用于估计云杉木培养物在不同时间点的一个基因表达的变化，并在 P 值 < 0.05 时对 Avicel 培养物进行配对样本 t 检验。

[39]

DNBseq 技术

白杨、云杉木、麦麸、棉籽壳

在 28˚C 培养 9 天和 16 天后，从两种生物复制培养物中的菌丝体中提取总 RNA

使用 SOAPALIGNER/SOAP2 将读数映射到D. squalens LYAD-421 SS1（v1.0 注释，联合基因组研究所（JGI））的基因组序列。RPKM 用于量化 RNA-seq 结果，通过 Cyber​​T Bayesian ANOVA 算法在 >1.5 的倍数变化和 P 值（通过多次测试校正）<0.05 的截止值下鉴定差异表达。

[40]

Illumina HiSeq 2000 平台

挪威云杉 (Piceaabies)、银桦 (Betula pendula)

三个生物学重复；在 28°C 培养 2 周和 4 周后从菌丝体中提取总 RNA

使用 HISAT 版本 0.1.4-beta 将读数与参考基因组 (https://genome.jgi.doe.gov/Dicsqu464_1/Dicsqu464_1.home.html) 对齐。使用带有截止值的 DESeq2（版本 1.10.0）鉴定差异表达的基因

调整后的 p 值 < 0.05。原始基因计数用于 DGE 分析，因为 DESeq2 使用其内部标准化。

[41]

Illumina HiSeq 2000 平台

D-葡萄糖醛酸、D-半乳糖醛酸、L-鼠李糖、D-半乳糖、

D-木糖、D-甘露糖、L-阿拉伯糖、二糖纤维二糖

本研究未提及样品的重复性。在 28°C 生长 5 天后，从菌落边缘的菌丝体中提取总 RNA

使用 Bowtie2 和 BWA 软件将读数映射到D. squalens CBS 464.89 的基因组。使用 RSEM 工具在 FPKM 中测量基因表达水平。差异表达由 DESeq2 识别，截止值≥2.5 倍变化，FPKM 值≥10，调整后的 P 值≤0.01。CAZyme 注释是使用 JGI MycoCosm 网站 (https://genome.jgi.doe.gov/mycocosm/proteins-browser/browse;qLeIA4?p=Dicsqu464_1) 完成的。

[42]

Illumina HiSeq 2500 平台

松柏醇、阿魏酸、香草醛、香草醇、香草酸、藜芦醇、原儿茶酸、对香豆酸、对羟基苯甲酸和肉桂酸。

三个生物学重复；在 28°C 培养 4 天后提取 RNA。

基因表达水平测量为 FPKM。DESeq2 1.10.0 版本用于比较样本的转录水平。在每对条件之间的至少一个条件下，差异表达的基因被鉴定为倍数变化 > 2、调整后的 p < 0.01 和 FPKM > 10。差异表达基因的功能注释基于来自真核直系同源组 (KOG)、京都基因和基因组百科全书 (KEGG) 通路图谱、InterPro 蛋白质序列分析和分类以及D.从 JGIMycoCosm数据库 (https://genome.jgi.doe.gov/cgi-bin/kogBrowser?db=Dicsqu464_1) 检索的角鲨 CBS464.89 (Dicsqu464_1)

[43]

表 2。D. squalens转录组分析中样品条件和 RNA-seq 数据分析方法的详细信息

木材和微晶补充培养物中。这些基因包括三个（cel 7 a、cel 7 b和cel 7 c）编码 CBHI，一个（cel 6）编码 CBHII，一个编码 CDH，以及五个推定的 LPMO 编码基因（lpmo 1、lpmo 2、lpmo 3、lpmo 4 和lpmo 5)。此外，cel 7 a组成型表达并且是最丰富的转录物，而其他cel基因在云杉木和 Avicel 上生长的真菌中以低水平表达。而且，当角鲨烯在云杉木上生长时，观察到编码纤维素结合模块 (CBM) 的 lpmo 基因比缺乏 CBM 序列的基因表达更高，而这些基因在液体 Avicel 培养物中的转录 相似。尽管 CDH编码基因与 lpmo 基因共表达，但其在云杉木上生长的真菌和 Avicel 培养物中的表达水平较低。Rytioja 等人。[ 40 ] 分析了角鲨烯的转录组和外蛋白质组 生长在两种木本（白杨和云杉木）和两种非木本植物生物质（麦麸和棉籽壳）上。共有297个基因被鉴定为差异表达，其中135个基因与植物细胞壁降解有关。在栽培过程中，云杉和白杨中表达的纤维素分解基因的数量增加，而非木本植物生物量减少或没有变化。编码木质素分解酶的基因，包括 AA2 木质素修饰过氧化物酶和 AA1ˍ1 漆酶，主要在木质样品的第 9 天表达，而大多数纤维素酶基因在第 16 天的表达水平高于第 9 天，这意味着真菌首先降解木质素使纤维素易于使用。木质素分解酶基因在非木本植物生物量中的表达水平较低（即，麦麸和棉籽壳）的木质素含量低于木质生物质。H的基因2 O 2生成酶，包括 AA3ˍ3 醇/甲醇氧化酶和 AA5ˍ1 CRO，在所有底物中的表达水平相似，这表明这些酶可能与降解木质纤维素的 LPMO 一起有助于电子转移系统。对D能力的后续调查。角鲨烯降解软木（云杉）和硬木（桦木）材料表明真菌分子反应更适应软木材料，由于云杉培养物中甘露糖含量较高，因此在云杉培养物中的转录物和蛋白质水平具有更丰富的甘露聚糖分解酶。云杉。观察到相反的趋势是编码木聚糖酶的基因表达较高，但木聚糖酶的活性在云杉培养物中较低。此外，与云杉培养物相比，桦树培养物中漆酶基因的表达水平更高。与漆酶相比，在云杉培养物中产生的 MnPs 编码基因更为丰富[ 41 ]。洛佩兹等人。[ 42] 进行了转录组分析，以检查已知可诱导子囊菌中木质纤维素分解基因表达的六种木质纤维素衍生糖，以阐明它们在担子菌白腐真菌D. squalens中作为诱导剂的作用。与 D-葡萄糖相比，在所有六种木质纤维素衍生糖中检测到 83 个显着上调的基因，其中 26 个和 27 个基因分别对 L-鼠李糖和纤维二糖有反应。L-鼠李糖和纤维二糖分别被确定为纤维素分解和果胶分解基因的主要诱导物。此外，木质素降解相关酶编码基因仅由 L-鼠李糖和 D-木糖诱导。角鲨烯的双核和单核 菌株在植物生物质衍生的单糖和二糖纤维二糖上培养的基因表达模式不同，在 L-鼠李糖上观察到的差异最大。双核菌株对木质素分解酶编码基因的上调高于单核菌株，相反，单核菌株对果胶分解基因的上调高于双核菌株。编码甘露聚糖酶和类膨胀蛋白的基因仅在角鲨烯的双核菌株中被诱导。因此，与木质纤维素转化相关的基因调控的微调可能在这些菌株之间有所不同。科瓦尔奇克等人。[ 43 ] 确定了在云杉木 上培养的角鲨烯产生的各种芳香化合物。这分析了由 10 种不同的木质纤维素相关芳香单体诱导的角鲨 烯转录组水平差异，并鉴定了 268 个上调基因。香草醛上调了最大的一组基因，并且大多数基因与代谢有关，其次是肉桂酸上调了第二大组基因。先前对单核和双核菌株的转录组分析表明，L-鼠李糖触发木质素分解酶的表达，富含木质素的底物是导致角鲨烯中木质素分解基因诱导的关键因素[ 40 ] [ 42]。与之前的研究不同，在 Kowalczyk 的研究中，木质素降解酶机制仅部分由单体芳香化合物诱导。在补充不同芳香族化合物的真菌样品中，木质纤维素降解相关基因以及转运蛋白编码基因和分解代谢途径基因的表达水平存在显着差异。结果还表明，在芳香族化合物存在下诱导的调节子在基因的数量和功能方面有所不同。香草醛、肉桂酸和对香豆酸是用与氧化还原酶活性相关的基因本体 (GO) 术语注释的基因的主要诱导物，而用与木质纤维素分解活性相关的 GO 术语注释的基因主要被松柏醇、阿魏酸上调,

4。结论

总之，由于白腐真菌可以完全降解所有木质纤维素生物质成分，因此它们可用于生产各种生物基产品。阐明白腐真菌介导木质纤维素降解的分子机制可能有助于这些真菌在代谢工程中的应用，并优化可再生生物质资源向化学品的生物转化。应用 RNA-seq 技术分析转录组增加了我们对基因表达的理解，并可能有助于揭示以前未注释和非编码基因组区域的表达模式。将转录组测序与其他技术（例如分泌组学、核磁共振、

致谢

这项工作得到了日本科学促进会 (JSPS) 资助号 17F17404 的支持。

利益冲突

作者声明与本文的发表没有利益冲突。

参考

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